Hrvatska katolička misija Salzburgu djeluje od 1945. godine, 09. listopada 1945. vlč. Vilim Cecelja primio je službeni dekret nadbiskupskog ordinarijata u Salzburgu za „dušobrižnika Hrvata katolika u nadbiskupiji Salzburg“, koji, nažalost nije zaživio, jer je vlč. Vilim Cecelja bio već 16.listopada 1945. po lažnim optužbama jugoslavenskih komunista uhićen i interniran u saveznički logor Marcus W´Orr u blizini Glasenbacha kraj Sazburga. U međuvremenu brigu za hrvatske izbjeglice preuzimaju vlč. Petar Bulum i p. Josip Štefan.

Nakon zasjedanja izbjeglih hrvatskih svećenika 24. siječnja 1948. u Schärdingu, nadbiskupski ordinarijat u Salzburgu, imenovao je 01. ožujka 1948., don Juru Vrdoljaka (1948.-1950.) prvim naddušobrižnikom za Hrvate u Austriji sa sjedištem u Salzburgu. Taj datum smatra se početkom organiziranog dušobrižništva za Hrvate u Austriji i službenim početkom Hrvatske katoličke misije u Salzburgu tada nazivane Caritas Croata. Od 1949. Caritas Croata izdaje mjesečnik Glasnik Srca Isusova i Marijina. Nakon odlaska don Jure Vrdoljaka u Kanadu, mjesto voditelja Caritasa Croata preuzima vlč. Nikola Tojčić, koji i sam ubrzo odlazi u Argentinu.

Iako je hrvatsko dušobrižništvo na području Nadbiskupije Salzburg započelo već 1945., a svoj služben vid dobilo 1948., prekretnicu u dušobrižničkom radu čini preuzimanje Caritasa Croata od strane vlč. Vilima Cecelje (1950.-1988.) u ožujku 1950. Od siječnja 1951. godine vlč. Vilim Cecelja preuzima i uređivanje Glasnika Srca Isusova i Marijina i svu brigu oko toga vjerskog časopisa. Vlč. Cecelja je tada vršio dušobrižničku službu ne samo u izbjegličkim logorima pokrajine Salzburg (Lager Lehen, Siezeheim, Lager Puch, Lager Hellbrunn, Mütterberghütte i Pfarrkirche Mülln), nego i u logorima i naseljima na području biskupije Linz (Vöklabruck, St. Georgen am Attersee, Ebensee, Neukirchen bei Lambach).

Krajem svibnja 1954. kao ispomoć u vršenju dušobrižničke službe hrvatskih izbjeglica dolazi vlč. Mihael Jurić (1954.-1961.). Budući da u Salzburg u sve većem broju dolaze Hrvati na „privremeni rad u inozemstvu“ kao ispomoć vlč. Cecelji 1965. dolazi vlč. Ivan Olujić, svećenik riječke nadbiskupije. Zbog sve većeg broja radnika (gastarbajtere), a sve manjeg broja izbjeglica, te napokon zbog Glasa Koncila, koji prenosi sve najvažnije vijesti iz života Crkve u Domovini, Glasnik Srca Isusova i Marijina sa zadnjim brojem za mjesec prosinac 1968. prestaje izlaziti.

Godine 1974. kao zamjena i ispomoć vlč. Cecelji dolazi franjevac Hrvatske franjevačke provincije Sv. Ćirila i Metoda iz Zagreba, fra Ivan Sršan (1974.-1983.). Godine 1971. ugasio se Caritas Croata kao karitativna ustanova, no misija nosi i dalje taj naslov kao jedina u Austriji. Zbog toga je 1973. na jednom sastanku svećenika u Beču bilo odlučeno,da se dušobrižno središte u Salzburgu ne zove više Caritas Croata, već poput ostalih takvih središta u svijetu Hrvatska katolička misija. Fra Ivan Sršan pokraj svojih pastoralnih briga i dužnosti preuzima i skrb za radnike (gastarbajtere) oko sređivanja njihovih papira, prilikom traženja posla ili pak stana. Tako socijalna služba postaje djelotvornija, a novi svećenik takoreći socijalni radnik pri misiji. Potporom Nadbiskupije Salzburg obnovljen je dušobrižnički ured i postavljena nova knjižnica. Fra Ivana Sršana nasljeđuje fra Ilija Vrdoljak (1983.-1987.), a njega fra Ivan Mihalinec (1987.- 1997.) u vrijeme čijeg dušobrižništva izbija Domovinski rat u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini.

Sve više izbjeglica dolazi u Austriju i na područje Salzburga. Fra Ivana Mihalinca nasljeđuje fra Vjenceslav Janjić (1997.-2008.). On je pokrenuo i pripremio proslavu 60. obljetnice organiziranog dušobrižništva Hrvata katolika u Austriji. Prigodom same proslave, 08. lipnja 2008. godine Hrvatska katolička misija dobiva novo ime: Hrvatska katolička župa u Nadbiskupiji Salzburg, te za svog zaštitnika uzima bl. Alojzija Stepinca. Prvi župnik, fra Vjenceslav dobio je počasni naslov nadbiskupovog duhovnog savjetnika (Erzbischöflicher geistlicher Rat). Do odlaska  fra Vjenceslava 2008., privremeno su mu pomoćnici bili: pastoralni suradnik mag. dr.Drago Iličić (2000.-2002.), kapelani: fra Nenad Meter (2002.-2004.). i fra Mato Mučkalović (2004.-2011.) Njima je bilo povjereno dušobrižništvo u misijskim filijalama Radstadtu i Gollingu, te vjeronauk u Salzburgu.

Početkom rujna 2008. Hrvatsku katoličku župu u Salzburgu preuzima fra Zlatko Špehar. Od 2011. do 2012. u župi je bio i kapelan fra Vjekoslav Lazić, kojega nslijeđuje fra Ivan Cvetković od 2012. U župnom pastoralu pomažu i pastoralni suradnici, mag. Vjekoslav Perković (2009.-2013.), te mag. Petar Sakač do 2013. Župnik fra Zlatko dobio je počasni naslov nadbiskupovog duhovnog savjetnika 2013. U vrijeme pastoralnog djelovanja župnika fra Zlatka Špehara, organizirana je 10. lipnja 2018. svečana proslava povodom 70. obljetnice organizranog dušobrižništva Hrvata u Austriji i Hrvatske katoličke misije/župe u Salzburgu. Hrvatska  katolička župa uz sjedište u Salzburgu, vodi brigu i za vjernike Hrvate u mjestima: Mittersill, Zell am See-Schüttdorf, St. Johann in Pongau, Radstadt, Golling, u tirolskom dijelu Kufstein i Kitzbühel, gdje pastoralnu brigu vode franjevci Provincije Bosne Srebrene iz Sarajeva, te Mayerhofen, o čemu skrbi dušobrižnik za Hrvate iz Innsbrucka.